Bir anakart üzerinde bulunan en önemli birim yonga setidir. İşlemci, grafik ve veri yolları uyumluluğu yonga seti tarafından belirlenir. Genel olarak yonga setleri, kuzey köprüsü (north bridge) ve güney köprüsü (south bridge) olmak üzere iki ana öğeden oluşur. Kuzey köprüsü ve güney köprüsünün bir arada bulunduğu tasarıma tek-yonga tasarımı (single-chip design) adı verilir. Kuzey köprüsü, ekran kartının takıldığı portun (AGP, PCI Express), işlemcinin ve belleklerin çalışmasını, güney köprüsü ise PCI, USB, ISA, IDE, BIOS gibi diğer çevre birimlerini denetler.

Bilgisayarın beyni olarak adlandırılan işlemciler, bilgisayar komutlarının gerçekleşmesini sağlayan en önemli birimlerdir. İşlemciler, günümüzün dev üreticileri AMD ve Intel firmaları tarafından üretilir ve anakartlar da bu sebeple aralarında AMD tabanlı ve Intel tabanlı olmak üzere ikiye ayrılırlar. Bu sebeple anakart tercihinde dikkat edilmesi gereken en önemli özellik, anakart ve işlemci uyumluluğudur.

AMD anakartlar, sadece AMD işlemciler için üretilen kartlardır. Burada belirleyici olan nitelik soket tipidir. Çünkü, soket tipi hem işlemci hem de anakartın arayüzüdür. Bunun için, her ikisinin de aynı fiziksel yapıya sahip olmaları gerekmektedir.

Günümüzde Intel anakartlarda yaygın olarak kullanılan soket tipleri, soket 478, 479, 441, 437 ve 775’dir. Hala soket 478 kullanan bazı Pentium 4 ve Celeron D modelleri hariç, Celeron D, Pentium 4, Pentium D, Pentium Extreme Edition, Core 2 Duo ve Core 2 Quad gibi Intel işlemci ürünleri LGA-775 soket tipini kullanırlar. Bunun dışında Pentium M ve Core Duo işlemciler için özel olarak tasarlanmış anakartlar bulunur. Bunlar da soket 479’u ya da diğer özel soket tiplerini kullanırlar. Intel Atom işlemcilerin kullandığı SC-437 ise çoğunlukla Mini ITX anakartlar ile birlikte sunulmaktadır. Intel’in 2009’un ortalarında kullanıcıya sunduğu LGA-1366 ve 2009 Eylül’de sunduğu LGA-1156 ise yakın gelecekte LGA-775’in yerini alacaktır. Core i7 ve Core i7 Extreme işlemciler LGA-1136 soket tipini, Core i5 ve Core i7 (LGA-1156 soket tipini kullanan Core i7) ise LGA-1156 soket tipini kullanmaktadırlar

Anakart tercihi sırasında dikkat edilmesi gereken ilk önemli nokta, işlemci uyumluluğudur. Kullanıcılar bahsi geçen soket yapısındaki işlemcileri kullanacaklarsa, mutlaka bu işlemcilere uygun AMD anakartları tercih etmelidirler. Örneğin, Pentium 4 bir işlemcinin soket yapısı LGA-775, Core 2 Quad bir işlemcinin soket yapısı da LGA-775’dir. Ancak Pentium 4 işlemciyi destekleyen bir anakart, Core 2 Quad işlemciyi desteklemeyebilir. Tam tersi bir durum da söz konusu olabilir ve Core 2 Quad işlemciyi destekleyen bir anakart Pentium 4 işlemciyi desteklemeyebilir. Bu gibi sebeplerden dolayı işlemciler de fiziksel (soket) yapıları ve performans özellikleri nedeniyle kendi aralarında farklılaştıklarından, anakartın hangi işlemciler ile uyumlu olduğu üretici firmanın anakart bilgileri dahilinde kullanıcıya sunduğu “uyumlu işlemci listeleri (CPU Support List)” yardımı ile kontrol edilmelidir.

Anakart tercihi sırasında göz önünde bulundurulması gereken ikinci önemli nokta ise anakartın fiziksel boyutudur (form faktör). Günümüzde kullanılan anakart boyutları ATX, Micro ATX ve Mini ITX olarak belirtilmektedir. Bu boyutlar kasa ve güç kaynağı tercihini de etkileyeceğinden tercih sırasında dikkat edilmesi gerekir. Örneklendirilecek olursa, ATX anakartlar Micro ATX anakartlara oranla %25 daha büyüktür ve 30.5 x 24.4cm boyutlarındadır. Micro ATX anakartlar ise, 24.4 x 24.4cm boyutlarındadır ve kare bir yapıya sahiptir. Bu sebeple, ATX anakart uyumlu kasalar ile Micro ATX anakartlar kullanılabilir. Ancak, Micro ATX anakart uyumlu kasalar ile ATX anakartlar kullanılamaz. Mini ITX anakartlar ise 17.15 x 17.15cm’lik boyutları ile hem ATX hem Micro ATX anakartlardan daha küçük bir boyuta sahip olduğu için tüm kasalar ile kullanılabilmektedir. (Full Tower ve Mid Tower kasalar: ATX + Micro ATX + Mini ATX anakartları destekler. Mini Tower kasalar ise sadece Micro ATX + Mini ITX anakartları destekler.)

Anakart seçimini etkileyen bir diğer husus da kullanılacak bellek standardı ve bellek miktarıdır. Çoğunluk ile kullanılan bellek standartları DDR, DDR2 ve DDR3’tür. DDR bellekler yerini bir süre önce yerini DDR2 belleklere bırakmış olsa da, gelişen teknoloji ile birlikte kullanımı yaygınlaşmaya başlayan DDR3 bellekler de DDR2 belleklerin yerini alacaktır. Takılacak belleklerin anakartın desteklediği bellek standartları ile uyumluluğu ve destekleyebildiği maksimum frekans hızının (MHz) altında veya eşdeğer hızda olmaları gerekmektedir. Anakart üzerindeki bellek slotlarının genişlemeye uygun olması ise gelecekte ortaya çıkabilecek bellek ihtiyacında, anakart değişimine gerek duyulmamasını sağlayabilir.

Görüntü ve grafik arayüzünün oluşumuna olanak tanıyan ekran kartı tercihinde, günlük kullanım (internette gezinme, video ve resim izleme, ofis programları kullanma gibi) için anakarta tümleşik (onboard) bir ekran kartı gereksinimi karşılayabilecektir. Ancak yüksek grafik kalitesine sahip programlar ya da oyunlarla ilgilenenler için harici bir ekran kartı gereksinimi ortaya çıkabilir. Bu durumda da anakartın desteklediği AGP, PCI Express slot tipleri ile uyumluluk göz önünde bulundurulmalıdır. Ayrıca günümüzde optimum grafik performansı için kullanılan ve birden fazla ekran kartı kullanımına imkan sağlayan SLI ve CrossFire teknolojileri için de, hem yonga setlerinin uyumluluğu hem de PCI Express yuvalarının sayısı, anakartlar üzerinde dikkat edilmesi gereken hususlardan biri olmaya başlamıştır.

Anakartların üzerinde sabit disk ve optik sürücülerin anakart ile iletişimini sağlayan arayüzler bulunur. Bunlar IDE (Paralel-ATA) ve SATA (Serial-ATA)’dır. Günümüzde anakartlar üzerinde genellikle ikisi de bulunmaktadır. Burada dikkat edilecek en önemli husus, anakart üzerindeki arayüzler ile kullanılan sürücünün uygun bağlantı arayüzlerine sahip olmalarıdır.

Anakartların kasanın arka tarafında kalan klavye, mouse ve monitör gibi çevre birimleri ile iletişimini sağlayan bölümüne ise “arka panel (back panel)” denir. Bu bölümde giriş-çıkış birimleri bulunur. Bunlardan birisi günümüzde genellikle anakart ile tümleşik olarak gelebilen ses kartıdır. Ses kartlarında hoparlör, mikrofon gibi çıkışlar bulunur. Bazı anakartların arka panelinde bulunan Firewire portu, bilgisayara çevre birimlerinin bağlanmasında kullanılan yüksek hızlı bir arayüz bağlantısıdır. IEEE 1394 standardına dayalıdır ve 400Mbps - 800Mbps hızında veri transferini destekler. Firewire, USB'ye benzemekle beraber kullanım alanı açısından farklılık gösterir. Yüksek veri aktarım hızından dolayı, genellikle gerçek zamanlı veri transferi yapabilen video cihazları, kameralar, harici disk gibi cihazlar için kullanılır.

Klavye, mouse gibi düşük hızlarda çalışan cihazlar, anakarta PS/2 portundan bağlanmaktadırlar. Ancak, artık günümüzde USB veri yoluna hızlı bir geçiş yapılmaktadır.

Firewire portundan daha hızlı bir bağlantı sağlayan eSATA (external SATA/harici SATA) da arka panelde bulunabilen bir başka arayüzdür. Harici sata disklerin bağlanabildiği bu port, saniyede 115MB veri transferi yapabilmektedir.

Yeni nesil anakartlarda az rastlanan portlardan biri paralel port (LPT – LinePrinter) bir diğeri ise seri (COM) porttur. Paralel port, 25 pinlik ''D'' şeklindeki pembe renkli konnektördür. Genellikle yazıcıyı bağlamak için kullanılır. Bu portun bir pini, bir seferde 8 bit veri gönderebilir. Seri port ise, her seferinde içeriye veya dışarıya doğru bir bit bilgi transfer eden fiziksel bir arayüzdür. Kişisel bilgisayarların tarihi boyunca terminaller veya modemler gibi cihazlar ile bilgisayarlar arasındaki veri transferi çoğunlukla seri bağlantı noktaları üzerinden sağlanmıştır. Mouse, klavye, diğer çevre birimleri de bu yolla bilgisayara bağlanmaktadır. Paralel port ve seri portlar da PS/2 gibi yerini USB'ye bırakmaya başlamıştır.

Nasıl bir işlemci bilgisayarın beyni sayılıyorsa, bir bilgisayarı işler hale getiren ve bileşenleri üzerinde barındıran anakart da bilgisayarın vücudu sayılabilir. Bu niteliğiyle kabaca sistemi belirlediği söylenebilen anakartlar, diğer sistem bileşenleri gibi sık sık değiştirilemez. Bu yüzden anakart seçiminde sadece mevcut sistem özellikleri değil, ileride yapılabilecek donanım terfileri de göz önünde bulundurulmalıdır. Örneğin, bir işlemci ya da bellek terfisi yapılacağı zaman bu donanımların anakartla uyumlu olması gerekecektir.